礦產資源補償費是由財政和地礦部門負責征收，納入國家預算，實行專項管理，主要用于礦產資源勘查的專項資金。1994年2月27日發布的國務院150號令明確規定：在中華人民共和國領域和其他管轄海域開采礦產資源，應當按照其礦產品收入的一定比例繳納礦產資源補償費。這項法令的出臺，對保障和促進礦產資源的勘查、保護和合理開發，維 護國家對礦產資源的財產權益起了很大作用，但我們在審計中發現，由于各方面原因這項措施在 實際執行中還存在如下一些問題：
    一、欠繳和截留坐支礦產資源補償費問題。按照規定，礦產資源補償費應就地繳入中央金庫，但審計發現，欠繳和截留坐支資源補償費的現象比較普遍，有的存入征收部門過渡戶用于補充機關經費和辦公樓、職工宿舍等基本建設支出，有的交存當地財政預算外管理，有的交當地財政用于平衡預算。審計發現，由于一些地方財政狀況不佳，導致征管部門經費撥入不足，不足部分就用礦產資源補償費彌補。另外，人員超編也是造成經費不足進而坐支礦產資源補償費的一個重要因素。再次，現行征繳辦法不夠完善也是影響“繳庫率”的一個方面。一是礦產資源補償費地方留成比例過低，影響繳庫的積極性。二是下達征收入庫指標的具體操作辦法有一定的副作用。
    二、征收力度不夠和企業效益差造成礦產資源補償不能足額征收。大的采礦權人如石油、煤炭、鐵礦企業基本能夠按規定申報繳納礦產資源補償費，征管部門對其征收管理也比較到位，但是一些小的采礦企業特別是個體私營企業不能做到按期申報，有的甚至無賬可查，有關部門只能按定額征收或簡單測算征收。有的企業雖然據實申報，但因效益差、 貨幣資金不足也影響礦產資源補償費的繳納。
    三、由于有關部門規章規定不明確，致使市以下分成的礦產資源補償費多用于征管經費補助，很少安排礦產資源勘查項目和保護項目。按照《礦產資源補償費使用管理辦法》的規定，礦產資源補償費應用于礦產資源勘查支出、礦產資源保護支出及礦產資源補償費征收管理部門經費補助，但沒有明確劃分三項支出的具體比例。審計發現，大部分市及縣 (市、區)分成的礦產資源補償費全部用于征管經費補助，很少安排地勘項目和保護項目。各市縣礦產資源勘查項目和保護項目資金幾乎全部靠中央和省財政安排。
    針對以上礦產資源補償費征收管理中存在的問題，可以從以下方面加以改進：
    一、改進現行的礦產資源補償費征繳及返還辦法。一是調整礦產資源補償費中央與地方的分成比例，適當提高地方留成比例，以調動地方征收入庫的積極性；二是結合指標任務考核，制定對超收部分適當提高返還比例的優惠政策，鼓勵各級征收部門應收盡收，足額上繳，保證國家對礦產資源的財產收益。
    二、加強對礦產資源補償費征繳和管理使用的監督。首先，要強化征管系統內部的監督檢查，除了年度上繳指標完成情況外，還要檢查超額征收部分的解繳情況，以及礦產資源補償費的管理和使用情況，對欠繳或截留、挪用等問題及時予以處理。其次，財政和審計部門也要對礦產資源補償費的征繳和管理使用情況進行監督，發現問題，按照有關規定嚴肅處理。
    三、完善礦產資源補償費征收和使用管理辦法，使之更具操作性。如可以規定礦產資源勘查支出、礦產資源保護支出和礦產資源補償費征收管理部門經費補助的使用比例，把收繳的礦產資源補償費主要用于礦產資源勘查和保護項目，實現其基本功能和作用。
    四、財政部門在編制年度預算時，應足額安排礦產資源補償費征收部門所需的行政事業經費，從根本上解決“ 養人征費，征費養人”的不良循環。各級礦產資源補償費征收部門要結合機構改革，精簡清退超編人員，切實加強財務管理，從嚴控制經費開支，嚴格按規定征收管理使用礦產資源補償費，做到足額上繳、專款專用，杜絕此類違紀違規問題的發生。