為實施對酸雨和二氧化硫的污染控制，我國1998年頒布了酸雨污染控制區和二氧化硫污染控制區方案，制定了目標和主要措施。2000年，酸雨污染控制區和二氧化硫污染控制區二氧化硫比1997年有所減少，空氣二氧化硫濃度達到國家二級標準的城市由1997年的82個增加到118個，酸雨蔓延的趨勢得到基本控制。其中北京、上海、西安等地還率先建立“基本無燃煤區”，以減少城市市區燃煤量。此外，部分城市還制定了當地使用燃料的含硫量限值，限制高硫煤進城，促進低硫煤和清潔燃料的使用。

在大量使用煤炭的同時，我國積極調整能源結構，提高潔凈能源的比重。在一次能源生產總量中，石油、天然氣所占比重由1990年的19％和2％上升為2000年的21.4％和3.4％。煤炭消費量在一次能源消費總量中所占比重由 1990年的76.2％降為2000年的68％。

此外，我國還積極開發利用可再生能源和新能源。2000年，全國農村戶用沼氣達850萬戶，年產沼氣25.9 億立方米。小城鎮處理生活污水的沼氣池達8.4萬座，年處理量2.8億噸；建成農作物秸稈氣化集中供氣工程388處，可供氣1.5億立方米。到2000年底，全國并網風力發電場已達25個，總裝機容量約35萬千瓦，全國小型風力發電機的推廣應用量已經超過17萬臺。