2006 年7 月初，為了補償煤價上漲帶來的影響，第二次煤電聯動啟動。不同地區的調整幅度相差較大，全國燃煤機組上網電價平均上調0.01174 元/度（含稅）； 除華東、西北（調整幅度很小）外，華北、東北、華南、華中、山東上漲幅度的主要區間在3－5%左右；大多數水電站上網電價沒有調整。同時，也調整了終端電價，全國平均上調約0.02494 元/度。2005 年5 月、2006 年6 月，煤電價格聯動實施方案兩次實施，市場的反應均較為平靜。這是因為：第二次聯動火電上網電價上調幅度低于市場預期；在時間上，也比市場預期的晚。顯然，主管部門不太在意于發電端電價的上調，似乎不甚情愿；終端電價方面，居民用電輕易不動，主要考慮提高高耗能工業用電的價格。這也許會是最后一次上網電價價格向上調整的煤電聯動。電價市場化改革還在推進。華東電力市場于4 月3 日正式進入試運行聯合調試階段（10%電量進行交易，其余90%還是由政府定價）。一度暫停數月的東北電力市場試點工作重啟，年度及月度競價今年年內要轉入正式運行，同時開展日前市場模擬運行；南方電力市場與華中電力市場，有望在今年年中進行模擬運行；電監會亦在積極推進華北、西北電力市場建設，預計年內完成模擬運行的準備工作。僅就2006 年年內而言，電價市場化改革（競價上網）尚未全面正式運行，對發電企業的影響小。從東北區域市場遇到的問題來看，各地試點雖多，實際進展可能不會太快，估計2007 年仍不會有大的突破。