隨著庫區蓄水的不斷推進，三峽船閘貨運量及通過能力不斷攀升。三峽通航管理局在服務好三峽工程建設的同時，提出了同步移泊、一閘室待閘等工作方法，優化運行程序，通過量不斷被刷新，2006年4月貨運量破億噸。當年10月蓄水至156米后，三峽通航管理局協同相關部門采取調節閥門進水量的方式，保證了在155米左右時維持四級運行方式，確保了通航效率的穩步提升，用兩年時間創造出另一個億噸的貨物通過量。至2008年9月，三峽船閘開通5年累計運行4.4萬閘次，通過船舶32.5萬艘次，貨運量近2.07億噸，客運量784萬人次。翻壩轉運滾裝船近3.8萬艘次，車輛162萬車次。三峽斷面貨運量累計近2.63億噸。

　　2008年10月3日，三峽船閘運行方式從四級轉為五級，過閘計劃也轉入4小時動態計劃。在新的水位條件和過閘調度方式下，三峽河段過壩運輸保持通暢，滾裝船運輸持續增長，三峽斷面運量繼續強勁增長。