由于發展潔凈煤技術涉及煤炭、電力、化工、冶金、機械等諸多行業,僅從煤炭行業的角度發展潔凈煤技術難度較大。

發展潔凈煤技術重在社會效益和長遠的綜合經濟效益，要在盡可能短的時間內讓企業看到經濟效益，還有待政策的激勵和引導。國家至今還沒有鼓勵發展潔凈煤技術的專門政策，急需完善相應的法律法規，制定和推行符合市場機制的、可操作性的技術，以及金融稅收等優惠政策。

近幾年煤炭工業面臨價格、市場、技術發展、勞動效率、產業或產品結構等多重問題的困擾，經濟形勢不好，行業的工作重點主要放在扭虧增盈、關井壓產、煤炭安全生產上，也在一定程度上影響了行業潔凈煤技術的發展。一些技術雖取得不同程度的進展，但從行業發展角度、從全社會需求角度、從全國煤炭市場角度制定和落實潔凈煤技術發展還不夠，潔凈煤技術在行業內也大多處于小規模、分散發展的局面。

目前不少煤炭生產地區和煤炭企業的領導仍然認為煤炭工業的主體任務是產煤，雖然對選煤、配煤、礦區電站、煤氣廠等的建設逐漸重視起來，但對煤炭開發生產、加工轉化、燃燒等技術還停留在以往粗放技術的水平上,還是從發展“三產”的角度選擇和建設潔凈煤技術項目。

在市場放開的沖擊下，運輸、經營等跟不上市場變化和需求，煤炭要經過多個中間環節才能到達用戶手中，引出一系列問題。一方面煤炭加工產品市場不旺，主宰用戶市場的不是質量，而是價格、關系等，煤炭生產、加工部門經濟效益低下或虧損，絕大多數動力煤未經加工就進入市場；另一方面大中城市以及電力、冶金等部門呼吁需要高質量的煤炭，不少用戶反映煤炭加工粗放、商品煤質量和品種與需求脫節、供求不對路，造成運輸浪費、鍋爐效率低下、污染嚴重。應加大產業結構調整，在潔凈煤技術中重點發展煤炭加工技術，形成煤炭生產、加工、銷售、配送一體化的供應體系，建立適應市場經濟運行的煤炭產、供、銷新格局，全面提高我國煤炭生產、消費的水平和質量。

多數潔凈煤技術產業不是短平快項目，需要相當的投入，資金回收期相對較長。籌集產業化資金是困擾發展潔凈煤技術的大難題,應建立潔凈煤技術發展基金。