為了貫徹《國務院辦公廳關于關閉國有煤礦礦辦小井和鄉鎮煤礦停產整頓的緊急通知》國土資源部辦公廳于6月20日發出通知，要求各省（自治區、直轄市）國土資源主管部門必須按照國務院辦公廳的《通知》要求，立即組織力量，注銷所有應該關閉的煤礦企業的采礦許可證，并將采礦許可證正、副本收回，暫存當地市、縣地質礦產主管部門。

國土資源部辦公廳的通知強調，未經批準至今尚未換證的采礦許可證一律廢止并予注銷。經批準尚未換證并屬于停產整頓的煤礦企業，暫停換證，并收回原采礦許可證；礦山企業先行停產整頓，經檢查組檢查驗收，決定恢復生產時，再辦理換證手續。已換證的屬于停產整頓的煤礦，由縣地質礦產主管部門負責收回其采礦許可證。礦山企業先行停產整頓，經檢查組檢查驗收，決定恢復生產時，再發給采礦許可證。凡經整頓檢查決定關閉的礦山企業，采礦許可證予以注銷。

國土資源部辦公廳的通知要求，各級地質礦產主管部門要在當地政府的領導下，主動積極地做好采礦許可證的管理工作，加大對無證采礦的查處力度，積極配合有關主管部門做好關閉礦山以及停產整頓工作。對無證采礦查處不力、沒有按國務院辦公廳的《通知》要求注銷應關閉礦山采礦許可證和沒有收回停產整頓礦山采礦許可證的，要依法嚴肅追究礦山所在地管理部門負責人的責任。